永源寺是臨濟宗與黃檗宗各派15座總寺之一，是永源寺派的大總寺，擁有全國127座分寺，是一座坐禪鑽研與祈求天下平安的古道場。
南北朝時代的康安元年（1361）近江守護職佐佐木六角氏賴公皈依佛門，師從知名高僧寂室元光禪師，捐出領地內的勝景雷溪，並建造寺院。氏賴公曾在高野山當僧人修行，為人篤信，法名「雪江宗永」，又是佐佐木源氏的嫡系，因此該寺被命名為「永源寺」。
山號「瑞石山」，起初稱為飯高山，據傳是建造寺院時發生各種與石頭有關的瑞兆，例如巨大的基石僅憑工人之力就能移動、本尊觀世音菩薩現身在大岩石上等，因此改號。
據說禪師入寺開山時，聚集了兩千多個仰慕其高德的僧侶與一般人，當時在山中有五十六多間末庵。